اشاره: گفته‌‌اند برای انسان یک عقل نظری است که آن ادراک است و یک عقل عملی است که کارهای معقوله را عملی می‌کند ولی ما می‌گوییم در هر دو عمل لازم است و عقل نظری به عقل عملی برمی‌گردد چنانکه عقل عملی به عقل نظری برمی‌گردد و در نظری هم که درک و علم است عمل لازم است. آنچه در قرآن از آن به ایمان تعبیر شده غیرعلم است. علم به مبدأ و معاد و غیر آنها، ایمان نیست وگرنه ایمان شیطان می‌بایست بهتر باشد و حال آنکه کافر است چون خدا می‌فرماید کان‌ من‌الکافرین
(امام خمینی، تقریرات فلسفی،
 جلد 3، ص 341)
هنگامی که امام به تأسی از ملاصدرا حکمت متعالیه را پذیرفتند و قرآن و برهان و عرفان را با یکدیگر جمع کردند، در واقع به گونه‌ای ثنویت‌زدایی کردند و بینشی کل‌گرایانه را پذیرا شدند. این ثنویت‌زدایی در اندیشه امام به قدری پررنگ‌ است که می‌فرمایند برخی حکمت را به دو بخش نظری و عملی تقسیم می‌کنند در حالی که در حکمت نظری هم عمل نهفته است.
 امام یک فیلسوف یا عارف یا فقیهی نبود که کاری به سیاست نداشته باشد و معتقد بود که سیاست هم بخشی از حیات اجتماعی است. ثنویت‌زدایی در اندیشه امام در واقع حاکی از ارتباط میان ساحتهای مختلف هستی شناختی، ارزشی، رفتاری و حتی تجربی است. این زیرین‌ترین لایه تفکر امام است که بنده از آن به عنوان «کل‌گرایی توحیدی» یاد می‌کنم و معتقدم در تفکر امام، خدا و خرد و عشق با یکدیگر جمع شده‌اند.
امام به تأسی از ملاصدرا و ابن عربی، مراحلی را برای عرفان قائل بودند و این مراحل همان اسفار اربعه‌اند که در مرحله آخر آن، عارف متاله احساس رسالت می‌کند که پس از فانی فی‌الله شدن، بیاید و مرحله عرفانی دیگری را هم پشت سر بگذارد. این مرحله، آمدن به سوی مردم و هدایت آنها به سوی خداست.
به تعبیری عرفانی، می‌توان انقلاب اسلامی را به عنوان مرحله چهارم سیر و سلوک عرفانی حضرت امام تعریف کرد. در این مرحله است که سطح سیاسی عرفانی امام خمینی پررنگ می‌شود و عرفان امام به یک معنا بدون این مرحله کامل نمی‌شود. به دیگر سخن، عرفان امام، عرفانی معتکفانه و شخصی نیست بلکه عرفان حضور و ستیز است.
 از عرفان سیاسی تا حکومت غیرعرفانی
ردپای عرفان در نظریه سیاسی امام خمینی آنگاهی پیدا می‌شود که بحث «چه کسی حکومت کند؟» در میان است، اما به هنگامی که بحث «چگونه باید حکومت کرد؟» مطرح می‌شود و از روشها و محتوای حکومت بحث می‌شود، عرفان امام خمینی راهی به نظریه سیاسی پیدا نمی‌کند. بدین‌ترتیب به رغم جایگاه بلند عرفان و ولایت انسان کامل در اندیشه امام، ایشان اما تشکیل حکومت را با ابزار فلسفه و عرفان انجام نمی‌دهند. ابزاری که امام با آن حکومت می‌کند، ابزار اجتهاد و فقه است. امام به کرات پرهیز دارند از اینکه آن ولایت باطنی و عرفانی منسوب به انسان کامل که در پیامبر اکرم (ص) و ائمه اطهار متجلی شده است به ولی فقیه و به طور خاص به خود ایشان نسبت داده شود و اصرار داشتند که ولایت فقیه با ولایت باطنی منسوب به پیامبر (ص) و ائمه خلط نشود. آنچنانکه در یکی از نامه‌هایشان نیز می‌فرمایند: «لازم است عرض کنم آیات و روایاتی وارد شده است که مخصوص به معصومین است و فقها و علمای بزرگ اسلامی هم در آنها شرکت ندارند تا چه رسد به مثل اینجانب. هرچند فقهای جامع‌الشرایط از طرف معصومین نیابت در تمام امور شرعی و سیاسی و اجتماعی دارند و تولی امور در غیبت کبری موکول به آنان است لکن این امور غیر ولایت کبری است که مخصوص به معصوم است. تقاضای اینجانب آن است که در صحبتهایی که می‌شود و پخش می‌گردد ابهامی نباشد و مرزها از هم جدا باشد. (صحیفه نور، جلد 19، ص 403) بنابراین به رغم اینکه نگاه فلسفی ـ عرفانی و حکمت صدرایی امام لایه زیرین تشکیل حکومت از سوی ایشان است، اما فلسفه و عرفان ابزار حکومت امام نیستند و نه فیلسوف ـ شاهی افلاطونی و نه عرفان ـ شاهی، هیچ کدام ابزار حکومت برای ایشان به حساب نمی‌آیند. ابزار امام برای حکومت کردن فقه و اجتهاد و قانون الهی ـ اسلامی است. اگر با تسامح به سه عقل فلسفی، عرفانی و کلامی ـ فقهی قائل باشیم، می‌توانیم بگوییم که امام به دنبال حکومت با عقل فقهی بود و البته فقه و قانون هم از یک جنس هستند. حکومت فقهی، حکومتی قانونمند و قابل پیش‌بینی است. در چنین حکومتی اختیارات دولت دینی روال‌مند و قابل پیش‌بینی می‌شود و دیگران هم می‌توانند مطمئن شوند که حکم صادره از سوی حکومت، حکم خدا است. اگر اما حکومت جنبه عرفانی پیدا کند، شهودی و شخصی می‌شود و مردم راهی به کشف و شهود رهبر در اختیار ندارند تا مطمئن شوند که این کشف و شهود، کاشف از حکم خدا است یا که خیر. چرا که کشف و شهود جنبه‌ای شخصی دارد و حکومتی که بنایش بر عرفان گذاشته شود، می‌تواند به حکومتی غیرقابل پیش‌بینی مبدل شود و حتی چه‌بسا به نوعی اقتدارگرایی قدسی و عرفانی نیز بیانجامد و زمینه‌ساز توهمات و ادعاهای واهی شود. اما وقتی پای فقه به میان آید، چه بسا برخی از خشک بودن چنین حکومتی سخن بگویند. در اینجاست که وجه عرفانی سیاست‌ورزی امام می‌تواند لطافت حکومت دینی را تضمین کند. در ذیل مدیریت رهبر عارف، نهایت ایثار و گذشت و مهربانی متبلور می‌شود. و از همین روست که ماکس وبر درباره نسبت عرفان و شخصیت رهبر، می‌گوید که من در آرزوی رهبری هستم که هم ویژگی‌های کاریزماتیک داشته باشد و هم به ابعاد قانونی و عقلی و دموکراتیک توجه داشته باشد.
از عرفان تا ولایت فقیه
در باب ورود دیدگاه‌های عرفانی امام خمینی به نظریه ولایت فقیه نیز، باید گفت که اجتهاد و فقه جنبه عرفانی ندارند و اصول خودشان را دارند. اگرچه امام در غیاب نگاهی عرفانی، شاید هیچ‌گاه وظیفه‌ای اصلاحی ـ ارشادی برعهده خود نمی‌دیدند اما ابزار اصلاح و ارشاد ایشان در مرحله بعدی صرفاً فقه و اجتهاد است و انضباط و روشمندی و لاغیر. در این‌‌جا بویژه برای فرد غیرمعصوم دیگر جنبه عرفانی و باطنی کفایت نمی‌کند هرچند برای شخص معصوم بویژه در جایی که ارتباطی بین عصمت و اختیارات ولی پیش می‌آید، حکومت کردن می‌تواند جنبه عرفانی و باطنی داشته باشد. آیت‌الله جوادی آملی با همین نگاه می‌گویند که ولی فقیه تمام اختیارات معصوم را دارد مگر اختیاراتی را که به عصمت بازمی‌گردد. بدین‌ترتیب ابزار ولی فقیه برای حکومت کردن، به هیچ‌وجه جنبه عرفانی ندارد. اگرچه از عرفان محی‌الدین ابن عربی و ملاصدرا است که احساس می‌کند رسالتی برای هدایت مردم دارد اما در مقام هدایت سیاسی و اجتماعی عرفان کفایت نمی‌کند. وقتی پای سیاست در میان است، تنها ابن عربی فقیه است که می‌تواند حکومت تشکیل دهد و ابن عربی غیرفقیه فقط در حد یک توجه و تنبه و دلالت سیاسی به کار می‌آید. اینکه ابن عربی بتواند حکومت تشکیل دهد، با توجه به اینکه او فاقد ابزار فقه است، امکان‌ناپذیر است. بنابراین می‌توان نتیجه گرفت که اگر عرفان امام او را واجد احساس رسالت کرد و انقلاب اسلامی را پدید آورد فقه ایشان نیز به کار تشکیل و اداره حکومت آمد و حکومت اسلامی را حاصل آورد.